سازمان تجارت جهانی برای دستیابی به موافقتنامههای مورد تایید اعضا و نیز نظارت بر حسن انجام آنها از وجود ارکان مختلف تصمیمگیری، نظارتی، اجرایی و حقوقی بهره میبرد. این ارکان عبارتاند از: کنفرانس وزیران، شورای عمومی، رکن حل اختلاف، رکن بررسی خط مشی تجاری و شوراها.
کنفرانس وزیران بالاترین رکن سازمان تجارت جهانی است و نمایندگان همه اعضا را دربر میگیرد. اختیارات کنفرانس وزیران عبارت است از: محقق ساختن کارکردهای سازمان، اتخاذ اقدامات لازم در این راستا و تصمیمگیری در زمینه توافقنامههای تجارت چندجانبه در صورت درخواست هریک از اعضا.
جلسات کنفرانس وزیران حداقل هر دو سال یک بار تشکیل میشود. کنفرانس وزیران سازمان تجارت جهانی برای اولین بار در دسامبر سال ۱۹۹۶ در سنگاپور تشکیل شد. این کنفرانس همچنین در سالهای ۱۹۹۸ در ژنو، ۱۹۹۹ در سیاتل آمریکا، ۲۰۰۱ در دوحه قطر، ۲۰۰۳ در کنکان مکزیک و ۲۰۰۵ در هنگکنگ برگزار شد.
کنفرانس افتتاحیه وزرا در سال ۱۹۹۵ در سنگاپور برگزار گردید. عدم توافق اقتصادهای کاملا پیشرفته و در حال توسعه در این کنفرانس بر سر مسایل مطروحه عیان شد و به آنها عنوان " مسایل سنگاپور " را بخشید.
این کنفرانس در سوئیس برگزار شد.
این کنفرانس در سیاتل واشنگتن برگزار شد و به شکست انجامید تظاهرات گسترده و تلاش پلیس وگارد ملی برای کنترل جمعیت معترض توجه جهانیان را به خود جلب نمود.
این کنفرانس در دوحه برگزار شد.
این کنفرانس در کنکون مکزیکو و با هدف توافق برسر گفتگوهای دور دوحه انجام گرفت . ائتلاف کشور جنوب جی .۲ ( به رهبری هند، چین و برزیل ) با تقاضای شمالی ها مبنی بر پذیرش به اصطلاح « مسایل سنگاپور » مخالفت کردند و خواستار پایان پرداخت یارانه کشاورزی در اتحادیه اروپایی و ایالات متحده شدند . مذاکرات بی هیچ نتیجهای متوقف شد.
کنفرانس مذکور در هنگ کنگ و از ۱۳ دسامبر تا ۱۸ دسامبر سال ۲۰۰۵ برگزار گردید . اگر قرار بود مذاکرات دوحه پس از چهار سال پیشرفتی داشته باشد این کنفرانس بسیار جالبی بود این روند میشد به نتیجه گیری از دور جدید مذاکرات در سال ۲۰۰۶ منتهی شود . دراین کنفرانس کشورها تصمیم گرفتند تا پایان سال ۲۰۱۳ هر گونه یارانه برای صادرات محصولات کشاوری خود را قطع کنند و تا پایان سال ۲۰۰۶ نیز پرداخت یارانه برای صادرات پنبه را متوقف سازند . بعلاوه بحث کشورهای در حال توسعه این بود که باید به کالاهای بدون تعرفه و آزاد از کشورهای دارای کمترین سطح توسعه هم دسترسی داشته باشند . همه کالاها به جز تسلیحات نظامی از سوی اتحادیه اروپایی تا سقف ۳ درصد از خطوط تعرفهای معاف شدند . سایر مسایل مهم نیز به مذاکرات بیشتر وکامل شدن در پایان سال ۲۰۰۶ موکول شدند .
شورای عمومی، عالیترین رکن تصمیمگیری بعد از کنفرانس وزیران در سازمان تجارت جهانی است که درباره موضوعات روزمره و کارکردهای این سازمان نظر میدهد. مقر این شورا در ژنو قرار دارد و معمولاً هردو ماه یک بار تشکیل جلسه میدهد. شرکتکنندگان در جلسات شورای عمومی را نمایندگان همه اعضا (معمولاً سفرا یا معادل آنها) تشکیل میدهند. شورای عمومی مستقیماً به کنفرانس وزیران گزارش میدهد.
ممکن است یک دولت عضو سازمان مدعی شود که عضو دیگری معاهده یا تعهدی را برخلاف مصالح وی نقض نمودهاست. در چنین شرایطی، شورای عمومی بهعنوان رکن حل اختلاف تشکیل جلسه میدهد.
شورای عمومی، همچنین میتواند بهعنوان رکن بررسی خط مشی تجاری تشکیل جلسه دهد. این رکن ریاست، قوانین و رویه خاص خود را دارد و به تجدیدنظر در سیاستهای تجاری اعضا برای آماده کردن آن در مکانیزم بازنگری در سیاست تجاری میپردازد. در ابتدای هرسال ریاست و دو معاونت این رکن از بین اعضا برای یک سال انتخاب میگردند.
شوراها برای اجرای وظایف سازمان تجارت جهانی و عموماً زیر نظر شورای عمومی تشکیل میشوند. این شوراها بهصورت تخصصی وظیفه بررسی و تدوین موافقتنامههای عمومی را بر عهده دارند. این شوراها عبارتاند از:
وظایف این کمیتهها بر مبنای موافقتنامههای تجاری چندجانبه و مصوبات شورای عمومی تعریف میشود. عضویت در این کمیتهها برای تمامی اعضای سازمان تجارت جهانی آزاد است.
همچنین کمیتههای تجارت و محیط زیست و موافقتنامههای منطقهای تجاری نیز زیر نظر شورای عمومی فعالیت میکنند.